آزمایشگاه پژوهشکده علوم محیطی با هدف انجام تحقیقات پژوهشی-کاربردی و خدمات آزمایشگاهی، فعالیت خود را از سال 1385 با توانایی انجام آزمایش‌های مختلف در زمینه آنالیز نمونه‌های آب، خاک، بافت گیاهی و جانوری، تنوع زیستی و سلولی آغاز كرده است. هم اكنون آزمایشگاه‌های این پژوهشکده در فضایی به وسعت حدود 300 مترمربع شامل آزمایشگاه‌ آنالیز دستگاهی، کروماتوگرافی گازی-طیف سنج جرمی (GC-MS)، آزمایشگاه‌ آب و خاک و آزمایشگاه‌ تنوع زیستی است. این مجموعه آزمایشگاهی با برخورداری از انواع دستگاه‌ها و تجهیزات مناسب و همچنین امکانات آزمایشگاه میدانی، علاوه بر رفع نیازمندی‌های آزمایشگاهی- تحقیقاتی دانشجویان، با اجرای دقیق ضوابط کنترل و تضمین کیفیت و بهره‌گیری از روش‌های دقیق نمونه‌برداری، ارائه خدمات آزمایشگاهی به طرح‌های مشاوره‌ای و اجرایی را در رزومه خود دارا می‌باشد.

آزمایشگاه آب و خاک
در این آزمایشگاه پارامترهای فیزیکی-شیمیایی آب و خاک مانند pH، EC، نیترات، فسفات، نیتروژن کل، سولفات، کلسیم، منیزیم، کلراید، رنگ، کدورت، قلیائیت، سختی، اکسیژن محلول، اکسیژن خواهی شیمیایی (COD)، جامدات محلول و معلق در آب، بافت خاک و غیره اندازه‌گیری می‌شود.

آزمایشگاه تنوع زیستی
در این آزمایشگاه مطالعات تنوع زیستی از جمله شناسایی گونه های مختلف گیاهی و جانوری (این فعالیتها بخشی در راستای مطالعات تنوع زیستی است و بخشی دیگر در ارتباط با پایش زیستی اکوسیستم های مختلف رودخانه ای ، تالابی و دریایی)، مطالعات بیولوژی و اکولوژی برخی گونه های جانوری (به عنوان مثال بررسی سن و رشد ماهیان، بررسی میزان زادآوری، بررسی عادت غذایی گونه های مختلف جانوری)، مطالعات مولکولی گونه های گیاهی و جانوری، شناسایی و برآورد جمعیت آبزیان،ماهیها و کفزیان صورت می‌گیرد. این آزمایشگاه مجهز به ابزار نمونه‌برادری آبزیان مانند دستگاه الکتروشوکر برای نمونه برداری و برآورد جمعیت آبزیان رودخانه ها، تورهای پره برای نمونه برداری از ماهیان رودخانه ها و تالابها ، نمونه بردار سوربر برای نمونه برداری از بی مهرگا ن رودخانه ها ، نمونه بردار اکمن برای نمونه برداری از بی مهرگان تالابها و دریاچه‌ها و غیره است.